科技日报记者 王健高 实习记者 宋迎迎 通讯员 刘佳
10月31日，记者从中国科学院青岛生物能源与过程研究所获悉，该研究所与英国牛津大学、英国谢菲尔德大学、青岛星赛生物等合作开发出拉曼介导靶向单细胞基因组技术，基于CO2固定活性靶向性的拉曼分选耦合单细胞基因组（scRACS-Seq）等仪器手段，揭示了海水中原位进行光合固碳的SAR11类群，并发现它们以视紫红质作为捕光系统来驱动海水中CO2的固定。相关成果已于近日发表在《生物设计研究》上。
海洋是地球上最大的活跃碳库，海洋微生物在全球碳循环中起着至关重要的作用，然而由于大部分海洋微生物尚难以培养、原位代谢功能难以测量等技术瓶颈，业界对于海洋微生物光合固碳的原位功能机制等重要问题，仍然存在争议。
单细胞精度的海洋微生物组功能靶向性拉曼分选与测序技术（scRACS-Seq）。刘阳供图
为了识别海洋微生物组中哪些细胞在原位固定CO2，上述研究所单细胞中心的研究小组利用稳定同位素13C标记的无机碳底物饲喂新鲜海水样品，通过单细胞拉曼光谱中类胡萝卜素等色素特征峰的“红移”现象，建立了在免培养前提下原位固定CO2的单细胞识别和测量流程。借助单细胞中心与星赛生物联合研制的“拉曼介导靶向单细胞基因组”（scRACS-Seq）仪器体系，建立了针对CO2固定活性等代谢表型的功能靶向性单细胞拉曼分选与测序方法。
研究所荆晓艳高级工程师介绍，运用scRACS-Seq体系，研究人员在中国山东省青岛崂山湾真光层海水中，识别和分选到一系列进行海洋原位固碳代谢的Pelagibacter属单细胞，来自于SAR11等类群。“这些SAR11细胞，可能通过基于视紫红质的光激活质子泵系统，来驱动基于Calvin-Benson循环的海水原位固碳。”荆晓艳表示，为了验证这一假设，研究人员将这些SAR11单细胞基因组中4个预测为视紫质光敏感蛋白的基因在大肠杆菌中进行了异源表达。结果证实，它们能够合成视紫质且其中的两个基因与GenBank中的基因均无显著同源性，属于一类全新的视紫质光敏感蛋白。因此，这些视紫红质介导的光激活质子泵系统，很可能是SAR11在海水中原位进行光合固碳的能量引擎。
据了解，SAR11难以培养且研究工具匮乏，该研究揭示了SAR11的代谢表型组和完整基因组，从而建立了视紫质光敏感蛋白和海水原位CO2固定之间的功能关联。这一原创的“拉曼介导靶向单细胞基因组”（scRACS-Seq）仪器体系，克服了目前“拉曼介导靶向元基因组”手段通常难以在单个细菌细胞精度获得高覆盖度基因组这一瓶颈问题，对于环境中生命暗物质的功能探索和机制解析具有共性的方法学意义。
