科技日报记者 王延斌
3月21日，记者从烟台大学了解到，该校生命科学学院微生物（微藻）创新应用团队基于全基因组分析在国际上首次明确了中慢生根瘤菌属及其近源属的属级分类基因阈值，他们创新性提出了9个新属并完成15个物种的科学重分类，从而为微生物分类学中属的划分提供了参考方法。该研究于近日正式获得国际微生物系统委员会认可，上述团队提出的9个新属已全部列入原核微生物分类名录。相关研究成果刊发在国际学术期刊《BMC基因组学》上。
烟台大学生命科学学院副教授李岩表示，该突破性研究为微生物分类学提供了新的科学依据，解决了长期以来困扰学术界的中慢生根瘤菌属及其近源属的分类混乱问题。
据了解，根瘤菌是农业微生物中的重要类群，尤其在植物固氮过程中发挥着关键作用。然而，中慢生根瘤菌属与近源的水生微生物、假氨基杆菌等属的分类关系一直较为混乱，多个不同属的物种在进化树上混杂在一起。由于现有的微生物分类系统缺乏属级分类的标准，这一问题严重阻碍了该类群的系统学研究和实际应用。
为解决这一难题，团队基于系统基因组学方法，构建了叶瘤杆菌科所有典型菌的全基因组系统发育树。团队通过分析539个核心蛋白序列，将中慢生根瘤菌属及其近源的4个属划分为15个簇和亚簇。通过生物信息学软件，他们从DNA和蛋白层面计算了所有典型菌间的差异度，发现典型菌间全基因组的平均核苷酸一致度为77.40%至80.91%，核心蛋白平均氨基酸一致度为83.98%至86.16%，存在明显的数据间隔，这些数据间隔为属级分类提供了参考阈值。基于这些发现，该团队将全基因组系统发育树的15个（亚）簇分类为15个属，并提出了9个新属的建立，同时对15个种进行了重分类研究。
该研究为原核生物在属级分类单元的科学分类提供了新的研究方法和依据，解决了长期以来困扰微生物分类学的难题，不仅推动了微生物系统学的发展，也为农业微生物的应用研究提供了重要的理论支持。
