朱民才介绍，103项技术状态变化里，航天员系统20项、伴星系统16项、飞船系统26项、火箭系统1项、测控网系统34项、着陆场系统6项。“由于各个系统较大的状态间的复杂协同，导致有些技术状态频繁更动、受控难度很大。”如何确保中心任务技术状态和质量受控，是此次任务的一大难点。

　　第二大难点是重点弧段、关键事件的增加，带来组织决策难度的增加。较“神六”任务而言，“神七”共包含关键事件259个，其中火箭13个，飞船正常168个，飞船异常74个和舱外服4个。尤其在航天员出舱活动段首次实施的“统一指挥，专业技术”协同模式，增加了组织指挥及飞控决策的难度。

　　“神七”任务里，出现了伴星绕飞控制、中继卫星试验等首次试验的项目。如何实现这两项任务的技术攻关，对飞控中心提出了第三个难题。

　　第四大难点是多目标控制带来飞控协同难的问题。“神七”任务里，北京飞控中心除了要对飞船实施控制，在航天员出舱行走阶段，还将对航天员进行指挥，对两套舱外航天服的各类数据进行处理；在伴飞卫星释放后，对伴星进行测控；轨返分离后，对气闸舱和伴星进行测量和定轨，并对伴星实施轨控，实现绕飞。同时，包括地面站、测量船、中继卫星等各类测控通信资源交叉重叠，为数据收发处理、测控实施带来了很大难度。“‘神七’任务也是多系统协同工作最复杂的一次。”

　　朱民才介绍，在“神七”任务准备时，飞控中心还承担着嫦娥一号卫星的长期管理，嫦娥二号的论证调研、火星探测总体方案的论证与研究等，多任务并行的局面，对组织管理也提出了难题。

　　“针对这些难题，飞控中心展开了一系列技术攻关。在继承和发扬以往关键技术的基础上，突破了多目标测控、小卫星伴随飞行控制、中继系统数据传输、天基测控、出舱活动指挥控制流程等多项关键技术。同时设计了数百种故障模式。”朱民才介绍，在多项科研实践考验飞控处理能力的同时，飞控中心新开发的计算机二代软件系统也将首次参加任务进行验证。